Sequenzierungsdaten modellieren
Die Chordoma Foundation hat eine umfassende Charakterisierung von 21 Chordom-Zelllinien und 12 von Patienten stammenden Xenotransplantat-Modellen (PDX) durchgeführt, wobei Whole Exome Sequencing (WES) (100X, 150bp paired-end) und Whole Transcriptome Sequencing (WTS) (80M reads, 150bp paired-end) eingesetzt wurden. Jedes Modell wurde an vier biologischen Replikaten (d. h. verschiedenen PDX-Tumoren oder Zellkulturschalen) über mindestens zwei Passagen sequenziert, um die Variabilität der Genexpression zu berücksichtigen.
Die Rohdaten der Sequenzierung stehen auf Cavatica zum Download bereit.
Die zusammenfassenden Daten der Modellsequenzierung sind im PedcBioPortal verfügbar.
Anweisungen für den Zugriff auf die Rohdaten der Sequenzierung in Cavatica
Registrieren Sie sich für ein Konto auf Cavatica und beantragen Sie den Zugriff auf den 'Chordoma Foundation Dataset'. Sobald der Zugang genehmigt ist, suchen Sie die Dateien in den Unterordnern 'Model_Data_Batch_1' und 'Model_Data_Batch_2'. Die neuesten RNA-Seq-Daten finden Sie im Ordner 'Model_Data_Batch_2', insbesondere im Unterordner 'source-data'.
Bei der Navigation in Cavatica gibt die Spalte "Sample ID" den Modellnamen an, während "Sample Type" entweder Zelllinie oder PDX angibt. Die entsprechenden Dateien sind unter "Experiment Strategy" als RNA-Seq kategorisiert. Jedes Modell enthält N=4 biologische Replikat-RNA-Seq-Dateien, wobei die Replikat-Dateien mit R1, R2, R3, R4 oder gelegentlich D1 bezeichnet sind. Beachten Sie, dass sich die Daten für die 21 Zelllinien und 12 PDXs über mehrere Seiten erstrecken.
Hier finden Sie einige Informationen zu Massendaten-Downloads von Cavatica.
Wenn Sie Hilfe beim Datenzugriff oder bei der Navigation benötigen, wenden Sie sich bitte an uns.
Liste der öffentlich zugänglichen Chordome-Datensätze
Hier finden Sie eine umfassende Liste öffentlich zugänglicher Chordom-Datensätze, die sowohl veröffentlichte als auch unveröffentlichte Ressourcen für Forscher und Kliniker enthält. Diese Live-Tabelle erfasst eine Reihe von Datentypen, einschließlich RNA-seq, Methylierung, WES und WGS, und bietet wertvolle Daten zur Unterstützung der Chordom-Forschung und zur Verbesserung der Erkenntnisse.
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