Liste öffentlich zugänglicher Datensätze zu Chordomen
Entdecken Sie eine umfassende Liste öffentlich zugänglicher Datensätze zum Chordome, die sowohl veröffentlichte als auch unveröffentlichte Ressourcen umfasst, auf die Forscher und Kliniker zugreifen können. Diese Live-Tabelle erfasst eine Vielzahl von Datentypen, darunter RNA-Seq, Methylierung, WES und WGS, und liefert wertvolle Daten zur Unterstützung der Chordome-Forschung und zur Gewinnung neuer Erkenntnisse.
Modell-Sequenzierungsdaten
Die Chordoma Foundation hat eine umfassende Charakterisierung von 21 Chordome-Zelllinien und 12 patientenabgeleiteten Xenotransplantatmodellen (PDX) mittels Whole-Exome-Sequenzierung (WES) (100X, 150 bp, Paired-End) und einer Gesamttranskriptomsequenzierung (WTS) (80 Millionen Reads, 150 bp, Paired-End) durchgeführt. Jedes Modell wurde einer WTS an vier biologischen Replikaten (d. h. unterschiedlichen PDX-Tumoren oder Zellkulturschalen) über mindestens zwei Passagen hinweg unterzogen, um Schwankungen in der Genexpression zu berücksichtigen.
Die Rohdaten der Sequenzierung stehen auf Cavatica zum Download bereit.
Die zusammenfassenden Sequenzierungsdaten der Modelle sind auf dem PedcBioPortal verfügbar.
Anleitung zum Zugriff auf die Rohsequenzierungsdaten in Cavatica
Erstellen Sie ein Konto bei Cavatica und beantragen Sie Zugriff auf den „Chordoma Foundation Dataset“. Sobald der Zugriff genehmigt ist, suchen Sie die Dateien in den Unterordnern „Model_Data_Batch_1“ und „Model_Data_Batch_2“. Die aktuellsten RNA-Seq-Daten finden Sie im Ordner „Model_Data_Batch_2“, genauer gesagt im Unterordner „source-data“.
Bei der Navigation in Cavatica bezeichnet die Spalte „Sample ID“ den Modellnamen, während „Sample Type“ entweder Zelllinie oder PDX angibt. Die relevanten Dateien sind unter „Experiment Strategy“ als RNA-Seq kategorisiert. Jedes Modell umfasst N=4 biologische Replikate von RNA-Seq-Dateien, wobei die Replikate mit R1, R2, R3, R4 oder gelegentlich D1 gekennzeichnet sind. Bitte beachten Sie, dass sich die Daten für die 21 Zelllinien und 12 PDXs über mehrere Seiten erstrecken.
Hier finden Sie einige Informationen zum Download von Massendaten aus Cavatica.
Sollten Sie Hilfe beim Datenzugriff oder bei der Navigation benötigen, wenden Sie sich bitte an uns.
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